Dengan malaikat terakhir yang dikalahkan, Nerv memiliki satu musuh terakhir tersisa untuk menghadapi - manusia di bawah perintah Seele. Meninggalkan depresi yang mendalam di dekat akhir seri asli, Shinji Ikari berjuang dengan ultimatum disajikan kepadanya: untuk benar-benar menerima keberadaan manusia, atau meninggalkan individualitas manusia. Sementara itu, di inti dari Nerv yang dikompromikan, Gendou Ikari dan Rei Ayanami mendekati Lilith dalam upaya untuk menyadari cita-cita mereka sendiri tentang masa depan dunia. Akhir Evangelion berfungsi sebagai alternatif akhir untuk mempolarisasi episode akhir Neon Genesis Evangelion. Dengan takdir alam semesta tergantung di keseimbangan, pertempuran klimaks sudah dekat.