Pada tahun 2008, pemerintah Jepang mulai berburu orang-orang yang mengidentifikasi sebagai otaku dalam upaya untuk melindungi budaya negara. Hanya dalam satu minggu, lembaga penegak hukum yang dikenal sebagai SSC menangkap hampir setiap otaku dengan paksa dan menyita memorabilia mereka. Seorang pria bersemangat menyebut dirinya Otaku Hero menolak untuk membiarkan agensi ini melakukan apa yang mereka inginkan: dia mengangkat tentara perlawanan yang terdiri dari geeks pengungsi lainnya yang bersatu untuk membantu mempertahankan budaya mereka. Tiga tahun kemudian, kebakaran pemberontakan berkurang karena semua harapan tampaknya hilang untuk otakus. Didorong oleh sekutunya - gadis ajaib Anarchy - Otaku Hero memerintahkan perlawanan dalam upaya untuk menyatukan kembali Anarki dengan dua gadis ajaib lainnya: Biru dan Pink. Dengan menggabungkan kekuatan trio ini, perlawanan mungkin bisa mengalahkan SSC dan menyimpan budaya otaku untuk semua orang.