Karena pilihan gaya hidup yang miskin, tubuh manusia tertentu dalam kekacauan konstan. Dengan kuman, bakteri, dan zat asing yang ada di seluruh sel menjadi semakin sulit dan berbahaya. Sebagai beberapa orang malang yang tumbuh di lingkungan yang kacau ini, Sekkkkyuu AA2153 dan Hakkkkyuu U-1196 berusaha untuk memenuhi tugas-tugas mereka, bahkan jika itu berarti melihat banyak dari sesama mereka yang kehilangan nyawa mereka. Atur dalam lingkungan yang luas berbeda dari cerita orang tuanya, Hataraku Saibou Black memportrasikan perjuangan sel-sel karena mereka mencoba untuk mempertahankan kesehatan tubuh. Namun, kondisi manusia terus memburuk, dan apakah upaya ini akan menjadi sesuatu yang beton tergantung pada sel-sel!