Shinichi Kudou, seorang siswa SMA dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua orang yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi aktivitas ilegal yang mengganggu. Sayangnya, dia terjebak dalam tindakan, sehingga orang-orang dosis dia dengan obat eksperimental yang dirumuskan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkan dia sampai mati. Namun, untuk keheranannya sendiri, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tapi sekarang dalam tubuh anak berusia tujuh tahun. Dengan sempurna melestarikan kecerdasan aslinya, dia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa. Shinichi, sebagai Conan, mulai diam-diam memecahkan kasus Mouri senior dari belakang layar dengan keterampilan menipisnya yang masih luar biasa, sementara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat suatu hari nanti.