Berkat teknologi Profesor Yuuko Kouzuki dan kekuatan psikis Kasumi Yashiro, Kadet Takeru Shirogane kembali ke dunia aslinya. Takeru bertujuan untuk meminta bantuan Yuuko di dunianya untuk menyelesaikan proyek Alternatif IV - harapan terakhir umat manusia terhadap BETA, spesies asing yang menyerang planet ini. Ketika proyek anti-BETA hampir selesai, Takeru dan kadet lainnya lulus dari akademi pelatihan pilot Yokohama. Namun, selama uji sistem operasi baru untuk Tactical Surface Fighters - setelan tempur raksasa yang digunakan oleh umat manusia melawan musuh mereka - penyergapan BETA Takeru dan timnya. Hampir tidak melarikan diri dengan hidupnya, Takeru ditinggalkan trauma setelah menyaksikan kematian kejam salah satu teman dekatnya. Kehilangan kemauannya untuk melawan, Takeru melarikan diri kembali ke dunia lain, di mana ia mengalami tragedi serupa. Menurut teori Yuuko, orang-orang dari alam semesta paralel pasti akan mengalami nasib yang sama. Akibatnya, Takeru harus mengatasi trauma jika dia ingin melindungi orang-orang yang dia sayangi.