Setelah pertarungan sukses di Menara Tokyo, gadis-gadis Mew Mew menikmati jeda sementara. Sekarang Ichigo Momomiya dan Masaya Aoyama telah mengakui perasaan mereka satu sama lain, Ichigo sangat senang menghabiskan waktu dengan pacar barunya. Namun, istirahat cepat mereka akan terganggu, dan segera gadis-gadis harus bertempur melawan Chimera Anima lagi. Ketika semuanya berjalan serba salah dalam pertarungan berikutnya, Ichigo ditempatkan dalam bahaya besar. Tepat ketika hal-hal terlihat paling suram, misterius Blue Knight tiba dan menyelamatkan Ichigo, menyatakan bahwa ia dilahirkan untuk melindunginya, sebelum menghilang ke udara tipis. Dengan nasib dunia di pundak mereka dan identitas Blue Knight yang bersangkutan, gadis-gadis Mew Mew harus berusaha untuk menciptakan keseimbangan antara perkelahian alien dan kehidupan pribadi mereka.