Di True Cross Academy, Rin Okumura tanpa sadar menemukan tanda-tanda pertama bahwa ada sesuatu yang salah; orang biasa telah mendapatkan kemampuan untuk melihat makhluk tak terlihat yang berkeliaran di alam manusia, Assiah. Sementara Rin melihat ini sebagai kesempatan untuk membuat teman baru, saudara kembarnya, Yukio, lebih terbebani dari sebelumnya. Dibanjiri dengan pendidikannya, tugas pengusir setan, dan posisi mengajar, Yukio tetap diam tentang kekuatannya yang terbangun, tidak dapat memahami skala atau signifikansi mereka. Sementara Rin dan teman-temannya mempersiapkan Ujian Sertifikasi Pengusir setan tahunan, True Cross Order telah menemukan gerbang buatan pertama ke dunia iblis Gehenna. Menyaksikan ukuran dan teknologi canggih yang memungkinkan, para pengusir setan menyadari mereka sekarang berurusan dengan Illuminati, sebuah organisasi yang sangat kaya dan kuat. Selain itu, Illuminati yang tak dapat dipertahankan telah menanam tiga mata-mata dalam True Cross Order — dan satu mungkin bersembunyi di antara calon pengusir setan yang bersumpah untuk melindungi umat manusia dari ancaman setan.