Pada akhir abad ke-19, saat masa kejam dari periode Bakumatsu berakhir, era Meiji baru menandai era restorasi untuk Jepang. Dengan perang berakhir, pahlawan terkenal Hitokiri Battousai menghilang ke udara tipis, hanya meninggalkan legenda di belakang. Bertahun-tahun kemudian, seorang pengembara yang tampaknya polos bernama Kenshin Himura bertemu Kaoru Kamiya, pemilik dojo lokal yang berjuang di Tokyo. Kaoru mengejar Battousai yang memproklamirkan diri yang berkeliaran di jalanan, membunuh warga dan polisi tanpa pandang bulu. Selanjutnya, prajurit mengaku menggunakan Kamiya Kasshin-ryu-gaya pedang yang dikembangkan oleh ayah Kaoru sangat berakar pada esensi kehidupan, bukan kematian. Kenshin memutuskan untuk membantu Kaoru menjatuhkan penipu dan mengembalikan dojo ayahnya. Tanpa sepengetahuan semua, Kenshin tidak lain adalah prajurit sejati yang namanya masih menakutkan rakyat. Meskipun Kaoru akhirnya belajar kebenaran, sumpah untuk menebus sejarah pembunuhnya dengan tanpa darah melindungi gerakan lemah nya, dan dia menyambut Kenshin untuk tinggal di dojo nya. Namun, cita-cita Kenshin segera ditantang oleh hantu masa lalu dan musuh masa kini.