Ini adalah persilangan antara seri Lupin III dan Case Closed dan terjadi setelah televisi khusus Lupin the 3rd vs Detective Conan, juga menggabungkan berbagai elemen dari pendahulunya dalam plotnya. Alur ceritanya mengikuti Conan Edogawa yang berencana menangkap Arsene Lupin III, tersangka mencuri sebuah permata yang disebut Cherry Sapphire.