Setelah menjalani hari-hari damai di Kamiya dojo, Kenshin Himura menemukan dirinya di persimpangan jalan penting, karena sumpah untuk tidak pernah mengakhiri hidup diuji akhir. Setelah pembunuhan mantan komandannya, dia sekarang harus mundur jalan kekerasan dan darah untuk menjatuhkan Makoto Shishio - keajaiban pembunuh yang menyebut dirinya penerus Battousai yang terkenal. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintah Meiji dan mendirikan kekuasaannya di Kyoto, Shishio telah dengan cermat merencanakan selama satu dekade, membangun kekuatan militer anti-pemerintah yang tangguh. Sekarang, Shishio telah mengalihkan pandangannya untuk merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin legendaris Oniwaban Group prajurit. Ketika Kenshin melakukan perjalanan melalui sebuah desa ditinggalkan oleh pemerintah dan saat ini di bawah tinju besi antek Shishio, ia bertekad untuk mencegah negara itu dari berputar kembali ke perang saudara. Dia bersekutu dengan mantan saingannya, Hajime Saitou, menempa kemitraan rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.