Satu tahun setelah peristiwa di Sanctuary, Subaru Natsuki berlatih keras untuk menghadapi tantangan masa depan yang lebih baik. Hari-hari damai berakhir ketika Emilia menerima undangan untuk pertemuan di Kota Watergate Priestella dari Anastasia Hoshin, salah satu saingannya dalam pemilihan kerajaan. Mengingat pentingnya pertemuan dan potensi bahaya yang bisa dihadapi Emilia, Subaru dan teman-temannya menemaninya. Namun, ketika Subaru berhubungan kembali dengan rekan lama dan teman di Priestella, musuh baru yang tangguh muncul. Didorong oleh motivasi fanatik dan terlibat dalam metode kejam untuk mencapai ambisi mereka, musuh baru menargetkan Emilia dan mengancam keberadaan kota. Menggalang sekutunya, Subaru harus memberikan semua sekali lagi untuk menghentikan tujuan jahat mereka menjadi kenyataan konkret.