Ittoki Sakuraba gagal memahami mengapa ibunya, pamannya, dan teman masa kecilnya, Kousetsu, tampaknya menganggap keamanan nya begitu serius. Kousetsu terus mengikuti dan mengamati dia tanpa memperhatikan privasinya, hanya berfokus pada menjaga dia aman setiap saat terjaga. Tapi pemburu yang konsisten mulai masuk akal ketika seorang siswa tahun kedua yang menggemaskan di SMA-nya, Satomi Tsubaki, bertanya Ittoki kencan. Meskipun awalnya tidak bersalah, niat sejati Tsubaki segera menjadi jelas ketika Ittoki mengunjungi rumahnya; dia berencana untuk membunuh dia, dan dia tidak sendirian. Anehnya, orang-orang yang datang membantu adalah pamannya dan Kousetsu-memakai pakaian ninja gelap dan mematikan mereka. Setelah Ittoki dikawal ke tempat yang aman, ibunya mengungkapkan kebenaran: dia adalah pewaris ke-19 dari klan mulia ninja yang dikenal sebagai Iga, dan target pembunuhan oleh klan saingan mereka, Koga. Untuk melindungi dirinya dari ancaman baru ini, Ittoki harus mengasah keahliannya di satu-satunya akademi ninja yang tersisa di Jepang: Akademi Ninja Kokuten.