Saat mengendarai Jack Atlas dan Crow Hogan, Stardust Dragon Yuusei Fudou ditangkap oleh Paradox, Turbo Duelist misterius dari masa depan, selama Turbo Duel dan berubah menjadi Sin Monster. Dengan bantuan Naga Crimson, Yuusei mengejar Paradox saat ia memasuki waktu, berakhir di masa lalu. Selama masa ini, Paradox berduel melawan Jaden Yuki, yang masih bisa menggunakan kekuatan Yubel dan The Supreme King. Namun, pada saat ini Paradox juga telah menangkap Cyber ​​End Dragon dan Rainbow Dragon dan menguasai Jaden. Dia selamat berkat Yuusei dan Crimson Dragon. Jaden memberi tahu Yuusei tentang niat Paradox yang sebenarnya. Dengan mencuri berbagai monster dari waktu ke waktu dan mengubahnya menjadi gelap, ia berencana untuk membunuh Maximillion Pegasus, pencipta Duel Monsters, mencegah game dari diciptakan dan menyebabkan peristiwa dari ketiga seri tidak pernah terjadi. Yuusei dan Jaden setuju untuk mengejar Paradox, yang membawa mereka ke masa lalu dan menyebabkan pertemuan dengan King of Games, Yuugi Mutou. Namun, pada saat Yuusei dan Jaden tiba, Paradox sudah menyerang waktunya, diduga membunuh kakek Pegasus dan Yuugi, dan juga berhasil mencuri Blue-Eyes White Dragon dan Red-Eyes Black Dragon. Setelah menjelaskan semuanya kepada Yuugi, ia setuju untuk bertarung dengan Yuusei dan Jaden melawan Paradox dalam duel tiga lawan satu untuk membebaskan monster yang terperangkap dan menyelamatkan dunia dan waktu itu sendiri sebelum terlambat.