Meskipun ia dibesarkan sebagai anak yatim, Nio Chirinu menemukan tempat untuk menjadi milik: menjadi pelayan di restoran nenek angkatnya. Tapi kedamaian ini tidak berlangsung lama; Nio dan adiknya Iroha digunakan sebagai umpan untuk menangkap penculik anak oleh Toshizou Hijikata dan Souji Okita — dua anggota kelompok ronin terkenal bernama Miburo. Setelah cobaan, Toshizou mengusulkan bahwa Nio bergabung dengan jajaran Miburo dan melindungi orang-orang Kyoto. Frustrasi oleh kelemahannya sendiri, Nio kereta api untuk mencocokkan pedang rekan barunya. Meski begitu, dia berjuang untuk diterima oleh Tarou Tanaka dan Hajime Saitou, anggota Miburo lainnya seusianya. Bertekad untuk berteman dengan mereka, Nio harus menemukan rasa keadilan sendiri dan menjadi cukup kuat untuk menang melawan semua musuh-musuhnya.