Suatu hari di kota Shibuya, seorang anak laki-laki bernama Neku Sakuraba menemukan dirinya memegang dua pin hitam yang memungkinkan dia untuk membaca pikiran orang di sekitarnya. Namun, pin ini juga memberinya kemampuan untuk melihat "Noise," makhluk bermusuhan mampu "menghapus" orang dari keberadaan. Setelah mengetahui bahwa dia terjebak dalam batas kota, Neku menerima pesan mengenai misi yang akan menghapusnya jika dia gagal. Saat mencoba untuk melawan monster, Neku bertemu seorang gadis bernama Shiki Misaki yang memintanya untuk membentuk perjanjian kemitraan dengan dia untuk melawan monster. Shiki menjelaskan bahwa dia dan Neku telah menjadi "Players" yang berpartisipasi dalam "Reaper's Game" - sebuah peristiwa yang lebih dari tujuh hari, setiap menampilkan misi yang berbeda. Seperti Neku dan Shiki keduanya berusaha bertahan hidup setiap hari yang berlalu, mereka mulai bertemu pemain lain dan Reapers, pertempuran yang lebih kuat Noise, dan belajar kebenaran di balik misteri bahwa permainan ini terselubung.