Sepuluh tahun yang lalu, letusan gunung berapi membawa Kepulauan Ayaka Jepang ke ambang kehancuran. Sejak itu, Yukito Yanagi telah tinggal bersama keluarga angkat di daratan, tapi dia telah mengisolasi dirinya dari orang lain setelah insiden yang mengganggu. Karena keinginan ayahnya, Makoto, Yukito dibawa kembali ke tempat kelahirannya pada hari kelulusan sekolah menengahnya. Di sana ia bertemu dengan murid-murid Makoto dan belajar tentang keadaan supranatural di wilayah ini. Bentuk kehidupan misterius yang dikenal sebagai Mitama menghuni pulau-pulau, tetapi potensi mereka untuk memakan energi negatif manusia dan berubah menjadi monster ganas yang disebut Ara-Mitama membahayakan nyawa penduduk pulau. Yukito menemukan bahwa, seperti ayahnya, dia adalah seorang Ley Master-seorang individu khusus dengan kemampuan mirip dengan sihir, bertugas menenangkan Ara-Mitama. Saat ia belajar mengatasi trauma dan mengendalikan kekuatannya, Yukito memutuskan untuk mengikuti jejak ayahnya dan menjadi Ley Master kelas satu untuk melindungi kedamaian Ayaka.