Shidou Itsuka menghadapi bahaya yang lebih besar dari sebelumnya karena keterlibatannya yang terus berlanjut dengan Ratatoskr. Dia sudah menyegel 10 Roh, dan Isaac Westcott, pemimpin Deus Ex Machina Industries, akhirnya memutuskan untuk membunuh Shidou dan menjarah kekuatan Spirit untuk dirinya sendiri. Untuk mencapai tujuannya, Isaac menyatakan perang habis-habisan melawan Ratatoskr, memaksa organisasi untuk menghabiskan sumber daya untuk memastikan kelangsungan hidup Shidou. Meskipun kalah jumlah dan kalah jumlah, secercah harapan ada dalam bentuk Roh Waktu, Kurumi Tokisaki. Shidou harus menyegel dan memperoleh kekuatan Kurumi untuk melakukan perjalanan ke masa lalu dan menghadapi Roh Asal - katalis yang memulai semuanya.