Sudah satu abad sejak 'sihir sejati"—awalnya dianggap hanya cerita rakyat dan legend—telah menjadi teknologi biasa di seluruh dunia. First National Magic University Afiliasi High School (First High High), salah satu dari sembilan akademi sihir di Jepang, mengakui dua saudara terampil — Miyuki dan Tatsuya Shiba — ke akademi. First High membagi siswanya menjadi dua kelompok, Kursus 1 dan Kursus 2, berdasarkan nilai ujian masuk. Hal ini menyebabkan penghinaan yang jelas bagi siswa Kursus 2, karena diberi label “Gulma” oleh siswa Kursus 1, yang secara alternatif menyebut diri mereka “Blooms.” Tatsuya masuk ke Kursus 2, sedangkan adiknya Miyuki bergabung dengan Course 1 sebagai mahasiswa kehormatan. Miyuki ingin menunjukkan bahwa, meskipun saudaranya diberi label tidak kompeten, dia adalah salah satu pesulap terbaik di seluruh dunia. Mahouka Koukou no Yuutousei menceritakan kembali kisah Mahouka Koukou no Rettousei dari sudut pandang Miyuki dan karakter perempuan lainnya.