Sebuah tim dari tiga gadis ajaib yang dikenal sebagai Tres Magi melindungi kota tempat tinggal Utena Hiiragi. Seperti banyak lainnya, Utena mencintai gadis-gadis ajaib yang gagah berani melawan atas nama keadilan. Suatu hari, karakter maskot hitam misterius muncul di depan Utena dan memberinya kesempatan seumur hidup: kesempatan untuk berubah menjadi gadis ajaib. Namun, tawaran itu tidak seperti yang terlihat, karena Utena telah direkrut untuk organisasi jahat untuk melawan gadis-gadis ajaib yang selalu dia kagumi. Utena kemudian dipaksa untuk menghadapi Tres Magiia dalam pertempuran; tapi bukannya merasa menyesal, dia tiba-tiba menemukan kesenangan dalam menimbulkan rasa sakit pada gadis-gadis ajaib. Sepenuhnya menyerah pada keinginannya, Utena merangkul perannya sebagai penjahat, perlahan-lahan mengubah pemujaannya untuk gadis-gadis ajaib menjadi obsesi sadis baru.