Penampakan makhluk misterius yang dikenal sebagai 'Hologram Ghosts telah menjadi topik populer di jejaring sosial selama beberapa tahun terakhir. Menurut rumor, beberapa orang telah menjadi korban dari momok ini. Mereka yang beruntung bertahan dalam pertemuan mereka dengan makhluk paranormal mengklaim bahwa mereka menyerupai hologram yang merosot. Mahasiswa SMP Hazakura Academy Hiro Amanokawa percaya penampakan ini hanyalah legenda perkotaan. Namun, ketika insiden mulai meningkat frekuensi, ia diingatkan pada hari ayahnya tiba-tiba menghilang, dengan jam tangan digital aneh berfungsi sebagai satu-satunya peninggalan hilangnya. Sama seperti penampakan lainnya, apa yang terjadi pada ayah Hiro tidak dapat dijelaskan dengan logika konvensional. Suatu hari, ketika sesama mahasiswa di akademi diserang oleh Hologram Ghost, Hiro dan temannya Kiyoshirou Higashimitarai memutuskan untuk menyelidiki masalah ini. Hiro tidak tahu bahwa penyelidikan ini akan menjadi langkah pertama mereka menuju menemukan dunia berbahaya yang sebelumnya tidak diketahui umat manusia.