Menceritakan organisasi pelatihan mata-mata misterius yang dikenal sebagai D Agency. Organisasi ini didirikan oleh Letnan Kolonel Yuuki dari Tentara Jepang. Prinsip yang dia punya membawanya untuk merekrut orang-orang di luar akademi militer, dan melatih mereka untuk menjadi agen berkemampuan tinggi dalam memanipulasi. Para Agen ini akan menjadi tim khusus yang menjalankan berbagai operasi.