Setelah menyaksikan kematian ibunya di usia muda, Uryuu Kamihate tumbuh kecewa dengan para dewa, menolak iman pada mereka sebagai omong kosong. Karena keyakinannya, ia bertujuan untuk menjadi dokter, menghabiskan sebagian besar waktunya belajar untuk memasuki Universitas Kyoto bergengsi. Untuk melanjutkan studinya, Uryuu mencari tempat baru untuk membawanya masuk dan menjauh dari lingkungan berisik panti asuhan tempat dia dibesarkan. Chidori Amagami, kepala imam Kuil Amagami, memungkinkan dia untuk tinggal di kediaman Amagami. Namun, Uryuu harus tinggal di sana dengan tiga cucu Chidori - Yae, Yuna, dan Asahi - yang berfungsi sebagai gadis kuil. Selain itu, Chidori memiliki kondisi lain untuk Uryuu: ia harus menikahi salah satu saudara perempuan untuk memastikan masa depan kuil dan suatu hari mewarisi itu. Tapi dengan tujuan dan pandangan Uryuu secara alami bentrok melawan keyakinan para suster, cobaan yang sudah menakutkan ini tampaknya benar-benar mustahil.