Pada tahun 1923, krisis vampir mengambil Tokyo oleh badai. Diprovokasi oleh perdagangan ilegal dari "Ascra," sumber darah buatan, populasi vampir mulai meningkat dengan cepat dalam kota. Dalam perintah Letnan Jenderal Sonosuke Nakajima, Pasukan Khusus 16 mengumpulkan vampir yang baru di militer untuk menciptakan unit berburu vampir yang baru yang dikenal sebagai Kode Zero. Memimpin unit adalah Kolonel Yoshinobu Maeda. Tanggung untuk menemukan sumber perdagangan Ascra serta menangkap dan membunuh vampire, ia ditekan untuk menghasilkan hasil buah di tengah kritikan yang berkembang yang mengancam untuk memecahkan unit. Untuk membuat hal-hal yang lebih buruk, vampir dalam unit yang berjuang untuk memahami kekuatan baru mereka dan identitas sekarang bahwa mereka bukan lagi manusia. Dengan dunia yang menentang mereka, anggota Kode Zero harus menemukan cara untuk mengekang krisis atau korban yang lain dari mereka sendiri.