Pada hari baru di wilayah Kanto, Satoshi diundang oleh Profesor Yukinari Ookido ke upacara pembukaan laboratorium Profesor Sakuragi di Vermillion City. Selama pidato upacara, Profesor Sakuragi menerima peringatan dari Pokemon langka yang muncul di pelabuhan Vermillion City, memimpin Satoshi dan pelatih lainnya untuk bergegas ke daerah itu dengan harapan menemukan Pokemon misterius. Di pelabuhan, mereka menemukan Lugia-Pokemon legendaris-berlawanan dengan pelatih lainnya. Melihat taktik pelatih lainnya, Satoshi memiliki rekannya, Pikachu, menyerang Lugia dengan serangan Thunderbolt. Tak terganggu, Lugia melarikan diri, tapi tidak sebelum Satoshi bertekad melompat ke punggungnya. Untuk kejutan Satoshi, dia bertemu anak lain, Gou, yang melompat ke punggung Lugia juga. Keduanya naik di punggung Lugia karena membawa mereka bersama pada petualangan aneh di seberang laut. Karena memungkinkan keduanya kembali ke tanah, Satoshi dan Gou mengucapkan selamat tinggal kepada Lugia dan kembali ke Institut Sakuragi. Terkesan dengan temuan Gou dan wawasan Satoshi diambil selama pertemuan mereka, Sakuragi meminta duo untuk menjadi mitra penelitian barunya. Dan begitulah perjalanan duo dimulai, bepergian melintasi beberapa daerah untuk bertemu banyak Pokemon baru - termasuk yang memiliki kemampuan untuk Gigantamax!