Kelanjutan dari Yu-Gi-Oh! Zexal. Musuh baru telah terungkap - Barian. Mereka ingin mengumpulkan "Angka" dan menghancurkan Dunia Astral untuk menghindari kehancuran dunia mereka sendiri. Karena itu, Yuma dan teman-temannya adalah target utama mereka, dan Barian mulai perlahan memasuki Heartland City.