Selamat datang di dunia Gensokyo, di mana Youkai (istilah makhluk spiritual), hewan dan beberapa manusia hidup, sepenuhnya terpisah dari dunia kita oleh penghalang ajaib. Satu-satunya gerbang antara dua dunia adalah kuil Hakurei. Reimu Hakurei adalah gadis yang bekerja di tempat suci. Setiap kali masalah supranatural (dikenal sebagai 'Insiden') terjadi, Reimu pergi dengan teman-temannya untuk menyelidiki, menghilangkan penyebab dan mudah-mudahan Gensokyo ke keseimbangan.