Sasahara Kanji, seorang mahasiswa perempuan yang menjadi seorang otaku, tapi kesehariannya mulai berubah setelah mengunjungi sebuah klub bernama Genshiken dimana di tempat itu semua anggotanya adalah para otaku. Dan Akhirnya dia memutuskan untuk masuk ke klub tersebut akan tetapi pengalaman yang dia dapat tidak seperti yang dia bayangkan.