Kisah film baru ini berlatar di Hutan Okoya, surga Pokemon yang dilindungi oleh aturan ketat yang melarang orang luar menginjakkan kaki di dalamnya. Film ini berpusat pada Koko, seorang anak laki-laki yang dibesarkan oleh Pokemon dan juga menganggap dirinya sebagai salah satunya, memperlakukan Pokemon Mistik Zarude sebagai ayahnya. Ash dan Pikachu bertemu Koko selama petualangan. Film ini berfokus pada tema “Manusia yang dibesarkan oleh Pokemon,” alih-alih fokus film sebelumnya tentang “Ikatan antara pelatih manusia dan Pokemon mereka.”