Yowamushi Pedal sendiri berkisah tentang seorang otaku di sekolah menengah Sohoku di Chiba bernama Sakamichi Onoda. Ia sangat menyukai anime dan game. Ia pun dikenal mampu mengendarai sepeda komuternya dari tempat tinggalnya menuju pusat perbelanjaan Akihabara di Tokyo dengan jarak 90 km melewati pegunungan hanya untuk hobinya tersebut. Namun kehidupannya berubah setelah ia bertemu dengan tim bersepeda sekolahnya dan mulai berlatih untuk lomba balap sepeda.