Setengah iblis Towa dan Setsuna selalu bersama, hidup bahagia di Feudal Jepang. Tapi hari-hari bahagia mereka berakhir ketika hutan memisahkan mereka dan Towa dilemparkan melalui portal untuk Jepang modern. Di sana, dia ditemukan oleh Souta Higurashi, yang membesarkannya sebagai putrinya setelah Towa tidak mampu kembali ke waktunya. Sepuluh tahun kemudian, Towa berusia 14 tahun adalah siswa yang relatif disesuaikan dengan baik, meskipun fakta bahwa dia sering masuk ke perkelahian. Namun, masalah tak terduga tiba di depan pintu dalam bentuk tiga pengunjung dari Jepang Feudal; Moroha, seorang pemburu hadiah; Setsuna, seorang pembunuh iblis dan Towa yang lama hilang, dan nyonya Tiga-Eyes, iblis yang mencari benda mistis. Bekerja bersama, gadis-gadis mengalahkan musuh mereka, tapi dalam proses, Towa menemukan horornya bahwa Setsuna tidak memiliki ingatan sama sekali. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi mengikuti tiga gadis karena mereka berusaha untuk memperbaiki hilangnya ingatan Setsuna, serta menemukan kebenaran tentang takdir mereka yang terkait.