Ayakashi aneh, makhluk supranatural tak terlihat oleh mayoritas orang. Meskipun sebagian besar tidak berbahaya, beberapa Ayakashi menyerang manusia untuk melahap kekuatan hidup mereka. Ninja Exorcist bertugas melindungi orang dari roh-roh dengki ini. Matsuri Kazamaki adalah seorang ninja pengusir setan muda yang lahir dari klan bergengsi. Teman masa kecilnya, Suzu Kanade, adalah media ayakashi — individu dengan vitalitas besar yang menarik ayakashi. Matsuri menganggap semua yakashi mengancam dan ingin menjaga Suzu sejauh mungkin dari mereka, tapi bentrokan ini dengan keinginannya untuk tetap dekat dengan mereka. Suatu hari, pasangan bertemu Shirogane, 'Raja Ayakashi, yang sangat ingin memakan Suzu. Saat dia akan dimakan, Matsuri datang untuk menyelamatkan dan berhasil menyegel kekuatan Ayakashi - tapi tidak sebelum Shirogane membalas dendam dengan mengubahnya menjadi seorang gadis! Sampai dia menemukan cara untuk mengubah kembali, Matsuri harus menyesuaikan diri dengan gaya hidup barunya yang aneh saat melawan Ayakashi yang bermusuhan. Selain itu, Suzu sekarang berkonflik tentang perasaannya terhadap Matsuri - lebih lanjut menjerumuskan hubungan mereka ke dalam keadaan ambigu.